Приблизительно в том месте, где в настоящее время стоит здание милиции, в 17 веке стояли две деревянные церквушки: одна носила имя Павла, другая Петра (многие старожилы утверждают, именно с этих церквей и началась строиться наше село). Со временем они обветшали. Тогда Енисейская епархия за свой счет решила построить для местных жителей новую церковь, но такую, чтоб на века. И повезли в Богучаны на телегах, аж из самого Енисейска, белый кирпич для церкви. Неизвестно, сколько строилась эта церковь, но трудов и сил было вложено много. И наконец, в 1795 году, встала сложенная из белого кирпича, с высокой колокольней и с четырьмя золочеными куполами красавица церковь.Основной колокол весил пятьдесят пудов. Его тягучий звон был слышен на большом расстоянии, вплоть до россыпи поселка Геофизиков, а в тихую погоду старожилы говорили, что колокольный звон доходил до поселка Ангарский. Для жителей села и окрестных деревень церковь была предметом гордости и радости. В 1795 году она была освящена к богослужению. Был создан Петропавловский приход.
На запад от церкви было кладбище, где находили свой последний приют первопоселенцы, что интересно, хоронили они своих собратьев не в гробах, а в долбленных лиственничных колодах. Это было первое кладбище в Богучанах.
В церковь на праздники, а особенно на Рождество Христово и Крещение, приезжали люди из многих деревень района.
Простояла церковь до 1930 года. Сначала сняли церковные колокола и увезли их на переплавку, потом убрали кресты, а в 1935 году здание церкви было окончательно разрушено, уничтожено прекрасное духовное наследие всех наших предков. Кирпич был использован для печей строившейся школы.
Прошло 70 лет так называемого атеистического периода и широко развернулось движение по реконструкции, восстановлению старых храмов и строительству новых.
На собрании православных верующих с. Богучаны 21 апреля 1991 года была создана община прихода
Петро-Павловской церкви, был принят устав ее деятельности. И уже через месяц устав общины был зарегистрирован в исполкоме райсовета. Приход церкви стал называться «Петро-Павловский» Красноярско-Енисейской епархии Русско-православной церкви (Московский патриархат). Бывшее здание, в котором раньше было волостное правление, реконструировали под храм, и в нем стали проводить богослужения.
30 мая 1991 г. исполком Богучанского сельсовета принял решение о строительстве православного храма в районном центре.
В декабре 2010г. строительство церкви было завершено.
Работу вели строители ООО"Сибирская усадьба".
Впервые двери нового Храма были торжественно открыты в Святую Пасхальную ночь в апреле 2010г.